O presente exemplar reúne textos de diversos pesquisadores bra- sileiros com reconhecida competência no estudo de macromo- léculas de interesse biológico. Os capítulos discorrem sobre temas importantes e atuais na área. Devido à complexidade dos proble- mas envolvendo macromoléculas, grande parte dos trabalhos realizados sobre esses sistemas são computacionais. O conjunto dos textos apresentados aqui refletem essa tendência. Este livro busca apresentar de forma didática e compreensível os assuntos importantes discutidos na área, sem perder de vista o rigor matemático requerido para avançar, de forma consistente e segura, o conhecimento científico sobre o assunto tratado. Essa característica emerge de seu principal objetivo, que foi homenagear os Professores José Roberto Ruggiero e Jorge Chahine. O fator comum que motivou os autores a se juntarem e escrever os textos que compões esse exemplar, foi o reconhecimento da atuação desses dois docentes. Esse reconhecimento se refere principalmente a atuação profissional, mas também envolve fatores humanos. SUMÁRIO PREFÁCIO Elso Drigo Filho 9 PRINCÍPIOS DA SIMULAÇÃO POR DINÂMICA MOLECULAR Pedro Geraldo Pascutti 15 SIMULAÇÕES DE DINÂMICA MOLECULAR APLICADAS A SISTEMAS BIOLÓGICOS Carlos Roberto de Souza Camilo | Luiz Fernando da Costa Zonetti | Ingrid Bernardes Santana Martins | Alexandre Suman de Araujo 37 DINÂMICA ESTRUTURAL DE PROTEÍNAS Ana Ligia Scott | Eric Allison Philot | Angelica Nakagawa Lima 69 MODELOS SIMPLES PARA PROBLEMAS COMPLEXOS: OS MECANISMOS DE ENOVELAMENTO E EVOLUÇÃO PROTEICA POR MODELOS DE REDE CÚBICA Ronaldo Júnio de Oliveira | Gabriel Gouvêa Slade | Leandro Cristante de Oliveira 91 ENOVELAMENTO DE PROTEÍNAS UTILIZANDO MODELOS BASEADOS EM ESTRUTURA Antonio B. Oliveira Jr | Paulo Ricardo Mouro | Vinícius de Godoi Contessoto | Vitor B. P. Leite 121 ESTUDO DAS INTERAÇÕE