Daniel Woodruff e Vitorino Quissama chegam à cidade de Assunção para seguir a única pista que possuem sobre o paradeiro de Bernardina. Mas o que uma escrava foragida estaria fazendo no meio de um conflito militar? É o que a dupla pretende descobrir em suas investigações nos campos de batalha do Paraguai.
Baseado nos manuscritos de Daniel Woodruff (1832-1910), Território Inimigo segue os passos de dois andarilhos em busca da verdade. Enquanto o inglês se dedica a proteger crianças perseguidas por contrabandistas italianos, Vitorino se vê forçado a entrar no Exército Imperial de Sua Majestade D. Pedro II.
É quando descobre que a rixa entre Nagoas e Guaiamuns não acontece apenas no Rio de Janeiro, mas dentro das forças armadas brasileiras. Segundo volume da série Quissama, Território Inimigo se passa nos últimos meses da guerra que redefiniu o cenário político da América do Sul.