A aldeia de Umuaro, no interior da Nigéria, é regida pelo sumo sacerdote Ezeulu. Mas nem todos os habitantes da aldeia o apoiam, o que resulta em brigas internas, além dos conflitos com aldeias vizinhas. Um dos filhos de Ezeulu, Oduche, é enviado pelo pai para a igreja do homem branco, a fim de conhecer sua religião e proteger a aldeia dos perigos que ela pode trazer. Mas há controvérsias quanto ao envio de um filho ao inimigo. Ezeulu se vê numa espécie de beco sem saída, tendo de tomar decisões que, por mais bem intencionadas, podem resultar em desastre para o seu povo.
Enquanto isso, na cidade de Okperi, os colonizadores ingleses preocupam-se em construir estradas e entender como lidar com os colonos da aldeia. É preciso compreender sua língua, adaptar-se ao terrível calor e enfrentar as doenças da região. O capitão Winterbottom e alguns outros poucos colegas ocidentais são responsáveis por essa missão, e sabem que podem cair em feitiços dos sacerdotes e curandeiros da aldeia.
É nessa alternância entre a visão inglesa dos colonizadores e a visão interna da aldeia que se constrói o drama de A flecha de Deus. Conhecendo o lugar dos ingleses e também o dos nativos, passamos a ter uma visão muito mais rica e nada maniqueísta do cenário, feito de enormes conflitos e dilemas morais entre o homem branco e o africano.