Do fundo do poço se vê a lua conta a história de Wilson e William, gêmeos nascidos em São Paulo nos anos finais da ditadura. Órfãos de mãe e criados pelo pai, ator, os meninos são treinados para atuarem juntos, mas as brincadeiras da infância, porém, revelam que a semelhança dos irmãos é apenas física. William é violento, taciturno e masculino, enquanto Wilson é feminino e dono de inteligência tão sagaz quanto compulsiva.
A espinha dorsal do romance é a batalha de Wilson para livrar-se da imagem espelhada do irmão e se transformar numa figura feminina inspirada pelo objeto de sua obsessão, a rainha egípcia Cleópatra, sobretudo como encarnada no cinema por Elizabeth Taylor. Após uma tragédia que separa os gêmeos, uma trama surpreendente envolvendo trocas de sexo, assassinatos e perda de memória conduzirá a história até a enigmática cidade do Cairo. Incitado por um cartão-postal enviado pelo irmão desaparecido, William irá à sua procura e tentará resolver o mistério de seu paradeiro e de sua identidade.
Com um estilo ao mesmo tempo cômico e violento, poético e rude, o autor revela aos poucos uma história sobre o amor fraterno buscando resistir à ameaça insistente do signo da morte.