Um dos principais focos do estudo de Charles Boxer são as contradições internas da Igreja católica durante o expansionismo ibérico. Elas se refletem não apenas nos atritos entre ordens religiosas (jesuítas, dominicanos, franciscanos, agostinianos), mas também entre estas e o clero secular, bem como entre as orientações do Vaticano e a realidade enfrentada pelos missionários.
Mas a atenção do historiador se volta também para a quantidade e, principalmente, a qualidade das conversões em locais tão díspares quanto o Peru e as Filipinas, Angola e o Camboja. As relações entre a fé imposta e as crenças locais (do xintoísmo japonês ao culto inca, passando pelo hinduísmo e pelas religiões africanas) enfrentaram graus variados de resistência e tiveram como decorrência inúmeras formas de sincretismo.
É esse processo multiforme, responsável em grande parte pela configuração do mundo moderno, que o autor esmiúça com erudição e elegância, fundamentado numa vasta pesquisa de fontes, sobretudo dos documentos produzidos pelos próprios missionários, célebres ou anônimos, lançados nessa fecunda e fascinante aventura humana.