O objetivo deste trabalho foi o de obter indicadores que apresentassem resposta, em termos da qualidade das águas superficiais dos corpos hídricos analisados, para compor um método ou modelo de avaliação para bacias rurais, visando o monitoramento e a gestão dos recursos hídricos. Para a avaliação dos indicadores foram estabelecidas quatro estações de monitoramento, sendo dois pontos na bacia do rio Conrado e dois pontos na bacia do rio Pinheiro. Nestas estações foram implantadas réguas liminimétricas, padrão ANA/DENAE, em média quatro lances por seção de controle nas quatro estações, medição de vazão, através de molinetes, determinação da curva-chave e a construção dos hidrogramas (Q(m³/s)/dias). A metodologia adotada foi a coleta de amostras manuais mensais por quatro anos, sem a influência das chuvas, amostragem por meio de coletores ascendentes, não realizado por falta de chuva, pois no decorrer do estudo ocorreu déficit hídrico na bacia. Também foi instalada uma estação automática no ponto a jusante do rio Conrado. Foram determinados 33 indicadores físico-químicos, dois indicadores microbiológicos, duas variáveis ecotóxicológicas, duas campanhas de macro invertebrado bentônicos e 45 princípios químicos de agrotóxicos. Com os dados foi possibilitado o cálculo do índice de qualidade da água-IQA, o índice de avaliação integrada da qualidade das águas-AIQA, a classificação geoquímica das águas e a seleção dos principais indicadores.