Um ano após a rendição, Tóquio está destruída e entre os sobreviventes do Departamento de Polícia Metropolitana de Tóquio, o pânico se espalha. Vivendo sob a ameaça de uma segunda leva de exonerações de funcionários e investigadores, eles percebem que não podem confiar em ninguém, muito menos uns nos outros. Enquanto isso, outra guerra irrompe, entre os grupos étnicos que disputam o controle dos mercados negros da cidade. Neste contexto, 'Tóquio Ano Zero' começa com a descoberta dos corpos de duas mulheres jovens no Parque Shiba. Contra sua vontade, o detetive Minami é encarregado da investigação do caso, e quanto mais fundo mergulha nesses complexos e horríveis assassinatos, mais ele compreende que seu próprio passado e seus próprios segredos estão indelevelmente ligados aos das mulheres mortas e seu assassino.