O incrível ninja está de volta à ação. 20 anos depois da derrota de Dokusai, o Mundo Ninja entra em ebulição. Organizações mafiosas de todo mundo começam uma luta nas sombras para ocupar o lugar deixado pelo vilão. Jiraiya, agora um pai de família, terá que lutar para manter a paz que foi alcançada a tanto custo. Porém, ele terá que fazer isso sem sua lendária Espada Olímpica. Diante dos novos acontecimentos, outra velha conhecida ressurge das trevas. Benikiba também retorna em busca de vingança, e ela não está sozinha.