O Silêncio' é a história ficcional - mas baseada em fatos - de um missionário idealista, o jesuíta português Sebastião Rodrigues. No fim da década de 1630, ele embarca para o Japão para ajudar os cristãos locais, brutalmente oprimidos, e descobrir a verdade sobre seu antigo mentor, um teólogo que, segundo os rumores, teria recusado o 'martírio glorioso' e escolhido a apostasia. Rodrigues, depois de confrontado com a realidade da perseguição religiosa, tem, ele mesmo, de fazer a escolha de abandonar seu rebanho ou seu Deus.