Um confronto entre jovens super-heróis despreparados e um grupo de supervilões fugitivos acaba causando uma tragédia na cidade de Stamford e deixando centenas de mortos. A catástrofe leva à aprovação da polêmica Lei de Registro de Super-humanos, que condiciona a atuação dos super-heróis à sua submissão ao governo. A comunidade heroica se divide em duas facções - uma pró-registro, liderada pelo Homem de Ferro, e outra contrária, comandada pelo Capitão América -, levando a uma inimaginável guerra entre velhos amigos. E, em meio ao conflito, o Homem-Aranha precisa decidir de que lado ficará!